従来、登記済証が盗まれた場合、警察等に被害届が提出されていることを証する書面を添付して、登記所にお願いすれば、万一、その登記済証により、登記申請がなされても、待ったがかかるような運用がなされていた。　これを平成16年の法改正により、法的制度としたのが、不正登記防止の申出の制度である（準則35条）。　そもそも、出頭主義は、お上（登記所）に物申すのに，出頭するのは当たり前であるとの発想から導入されたものであり、本人または代理人に出頭させることにより、面前での対応により、書類の不備も正しい是正できるからである。　出頭主義の廃止により、それを補完するものとして、登記官の本人確認調査制度が導入され，不正登記防止の申出も，本人確認調査の発動原因となるのであるから、３のように、本人確認調査で出頭を求めるのであれば、不正登記防止の申出の際にも出頭させるのがバランスが良いと言える。
　なお、不正登記防止の申出があった場合には，当該申出人が申出に係る登記の登記名義人本人であることのほか，当該申出人が申出をするに至った経緯及び申出が必要となった理由に対応する措置を採っていることを確認しなければならない（準則35条4項）。たとえば，印章又は印鑑証明書の盗難を理由とする場合には警察等の捜査機関に被害届を提出したこと，第三者が不正に印鑑証明書の交付を受けたことを理由とする場合には交付をした市町村長に当該印鑑証明書を無効とする手続を依頼したこと，本人の知らない間に当該不動産の取引がされている等の情報を得たことによる場合には警察等の捜査機関又は関係機関への防犯の相談又は告発等の措置を採っていることが必要である。