行政権の帰属者のことを行政主体という。一般に，行政権は，国または公共団体に属するものと考えられている。しかし，この考え方は，国家法人説の名残りであるように思われる。現行憲法の定める国民主権主義の下では，行政権は，本来は国民に由来し，国民の厳粛な信託によって，政府がこれを行使するのであるから（憲法前文），行政権の帰属者（行政主体）は，行政府でなければならない。しかし，わが国の実定法は，憲法と異なり，国または公共団体を行政主体として構成しているので，ここでは，一応この考え方に従うことにする。
(1) 国
国は，統治権の一環としての行政権の帰属者である。行政権を行使するために，原則として，国自らの行政組織をもち，各行政機関を通じて行政を行う。
(2) 公共団体
公共団体とは，国の下に，国によってその存立目的を与えられた法人である。公共団体には，地方公共団体，公共組合，独立行政法人，特殊法人などがある。
(ｱ) 地方公共団体 地方公共団体は，直接，憲法に基づき自治権が与えられ（憲94条），国の領土の一部地域を基礎とし，住民を構成員とする統治団体である。憲法は，「地方自治」の章を設け，「地方公共団体の組織及び運営に関する事項は，地方自治の本旨に基いて，法律でこれを定める」としている（憲92条）。ここに地方自治の本旨とは，地方公共団体の住民自治と団体自治の２つの意味における地方自治を確立することを意味する。住民自治とは，地域単位での人々の自己決定と自治体の事務処理についての住民参加（地域自治）を意味し，団体自治とは，自治体の組織および権限行使についての国からの自治を意味する。
地方公共団体には，普通地方公共団体（都道府県・市町村）と特別地方公共団体（特別区・地方公共団体の組合・財産区・地方開発事業団）とがある（自治1条の3）。都道府県・市町村は，ともに公選の首長と議会を有する。都道府県の事務は，広域性，連絡調整，事務の規模・性質を基準として配分されているが（同2条5項），都道府県条例によって，知事の権限に属する事務の一部を市町村に処理させることができる（同252条の17の2）。
平成11年11月の地方自治法の改正（平成12年４月から施行）によって，機関委任事務が廃止されるとともに，公共事務・団体委任事務・行政事務の区分も廃止され，地方公共団体の処理する事務は，自治事務と法定受託事務の２つになった。この事務区分は，国と地方公共団体を「対等協力」の関係に置くことを前提とし，自治事務および法定受託事務については，法令に反しない限り，条例を制定することができ，地方議会の権限も，原則としてこれらの事務に及ぶことになった。
自治事務に関し，地方自治法による国の関与の仕方には，@技術的な助言・勧告（同245条の4），A資料の提出要求（同条），B是正の要求（同245条の5）がある。是正の要求は，自治事務の処理の仕方が法令の規定に違反し，または適正を欠き，かつ，明らかに公益を害していると各大臣が認めたときにすることができ，地方公共団体は是正の義務を負う。
法定受託事務に関する国の関与としては，@技術的な助言・勧告（同245条の4），A資料の提出要求（同条），B許可・認可・承認のほか，C是正の指示，D代執行等があり，自治事務に関するよりも国の強い関与が認められている（同245条の7・245条の8）。
国の関与の在り方については，@関与法定主義（国の関与は，法律またはこれに基づく政令の根拠を要すること），A関与の基本原則（国の関与は，その目的を達成するために必要最小限度のものとし，かつ，地方公共団体の自主性・自立性に配慮しなければならないこと），B公正・透明の原則（関与の手続については，許可・認可等の審査基準や標準処理期間の設定・公表などを定めること）が守られなければならない（同245条の2・245条の3・245条の9）。
(ｲ) 公共組合
公共組合は，一定の組合員から成り立っている公の社団法人である。これには，地域的な土木事業を行うもの（土地区画整理組合・土地改良区），同業者の共通の利益の増進を目的とするもの（商工組合），社会保険・共済事業を行うもの（健康保険組合・農業共済団体）などがある。公共組合の行う事業は公共的性格をもつので，行政上の権能および特典が与えられ，国の特別の監督に服するところに，私法人にはみられない特色がある。
(ｳ) 独立行政法人
これは，中央省庁の業務執行部門や研究部門を独立させ，業務執行の効率性を高め，行政組織のスリム化を図るために設立された法人である。イギリスのサッチャー政権が導入したエイジェンシーがモデルとされた。平成11年７月に制定された独立行政法人通則法は，役員の公募制や任期途中での交代，予算の弾力的執行，年次計画に基づく業務の遂行と評価，業務のディスクロージャーなどを定めている。すでに多数の研究機関，博物館，美術館などが独立行政法人化されている。
(ｴ) 特殊法人
これは，法律により国または地方公共団体の出資などによって設立されたもので，公の財団法人の性格をもつ。公社，公団，機構，公庫，基金，事業団などの名称をもつ法人がそれで，その業務内容は，交通事業の経営，住宅建設，都市整備，道路建設などの大規模の公共事業の実施のほか，金融，債務保証，資源開発など各般に及んでいる。総務省の外局であった郵政事業庁は，平成15年４月，日本郵政公社へと改組された。特殊法人は，給付行政の進展に伴い，公共事業は公の手によって行うべきであるとの発想に基づいて設立されたものであるが，近年では，公的部門における民間活力（民間資金・経営能力など）の導入の必要性が強調され，日本専売公社は日本たばこ産業株式会社に，日本電信電話公社は日本電信電話株式会社に改組され，日本国有鉄道も分割民営化された。特殊法人等の改革を推進するため，平成13年６月，特殊法人等改革基本法が制定された。現在，特殊法人の民営化とともに，独立行政法人への移行が実施されている。なお，国や地方公共団体（第１セクター）と民間（第２セクター）との共同出資により設立される経営組織体である「第３セクター」も，公の任務の遂行に当たっている。
国・公共団体などの行政主体は，いずれも法人である。ところで，法人は，それ自身活動能力をもつものではなく，自然人と同じように権利義務の帰属主体として法律上構成された組織体である。だから，行政主体が行政権を行使して行政を行うためには，行政主体に代わって行政権を実際に行使する地位にある人がいなければならない。このような地位にある人のことを行政機関という（ただし，国家行政組織法は，府・省・委員会・庁など，一定の事務配分の単位を指して，行政機関と称している）。
行政機関が行政主体を代表して行政権を行使することができる法律上の範囲のことを権限（職権・権能・所掌事務）という。行政機関が権限の範囲内でした行為の効果は，直接，行政主体に帰属する。行政機関は，権利義務の主体とはなり得ないので，このことを称して，行政機関は人格を有しないという。
行政機関の特色は，それが権限をもっていることであるから，権限の側面から，行政機関の種類を定めるのが適切である。
この点からみると，まず，行政主体のために意思決定（決裁）をし，それを国民に対して表示する権限をもつ機関があり，これを行政（官）庁という。例えば，国土交通大臣が鉄道業の申請者に許可を与え，税務署長が納税者に課税処分をする場合の，国土交通大臣，税務署長が，それである。行政機関には，このほか，行政庁を補佐することを任務とする補助機関（次官・局長・課長・事務官など），行政庁の諮問に応じて意見を述べることを任務とする諮問機関（審議会・調査会など），行政庁の命令に従わない者があるとき実力で執行することなどを任務とする執行機関（警察官・徴税職員など）などがある。
行政庁は，法令で定められた権限を自ら行使するのが本則である。しかし，場合によっては，その権限の一部を下級庁などに委任して行わせることもある。委任は，法律で定められた権限を他の行政庁に委譲するものだから，法律上の根拠がなければ，これをすることができない（国公55条2項，道運88条，自治153条）。委任を受けた機関（受任庁）は，自己の権限として，自己の名と責任において権限を行使することになる。
この委任と異なるものに，専決（内部委任）がある。これは，本来ならば行政庁（主務大臣）の決裁をとるべきものを補助機関（次官など）の決裁ですませ，行政庁（主務大臣）の名で処分を行うような場合である。
代理とは，Ａ行政庁の権限の全部または一部を，Ｂ行政庁がＡの名において行い，Ｂの行ったことの効果がＡの行為として生ずるものである。
代理には授権代理と法定代理とがある。授権代理は本人である行政庁の授権によって代理関係が生ずる場合である。この場合には，本人である行政庁の権限そのものには移動を生ずるわけではないから，法律の明文の根拠を必要としないが，法律が具体的に特定の事項を指定して行政上の権限としているときには，その者に権限を行使させる趣旨であるから，授権代理をすることはできない。法定代理は，行政庁に事故または欠員が生じたときに，その補助機関が法律上当然に代理する場合である（内10条，国公11条3項，自治152条1項）。
行政機関の数は，全国に無数にあるが，各機関の行動相互間に矛盾抵触があってはならない。そこで，国家意思の不統一を防ぐため，次のような工夫がなされている。
(1) 権限分配
各行政機関の権限は，法令上，事項別（事物管轄）あるいは地域別（土地管轄）に定められている（権限分配）。そして，ある行政庁がしたことは他の行政庁を拘束し（積極的効果），他の行政庁はその権限を侵すことはできない（消極的効果）。
(2) 協議・相互調整
ことがらによっては，２以上の行政機関の権限にまたがったり，あるいは各機関の間で所管争いを生ずることがある。この場合には，関係機関相互の協議によって決め，さらに関係の各大臣が府省間の相互調整（行組15条）をしても決まらない場合には，内閣総理大臣が閣議にかけて裁定する（内7条，内閣府7条7項。なお，内12条2項）。地方公共団体の長には総合調整権が与えられる（自治138条の3第3項）。
(3) 監督
各行政機関の縦の関係は，上級機関の下級機関に対する監督権によってつながっている。監督とは，上級機関と下級機関との間で意見が食い違うときに，上級機関の意思に強い力を認める方法である。その内容には，次のようなものがある。
(ｱ) 監視権
これは，下級機関に報告をさせ，帳簿書類を検閲し，実地に事務を視察するなどの権能である。
(ｲ) 訓令権
これは，下級機関の権限行使について事前に指図や承認をする権能であり，指揮権とも呼ばれる（内閣府7条6項，行組14条2項，自治154条）。
(ｳ) 取消権・停止権
これは，下級機関の行った措置を取り消したり，停止したりする権能である。監視権や訓令権は，監督権に関する規定があれば，当然それに基づいて行うことができるが，この取消権・停止権は，下級機関が本来もっている取消権・停止権を上級機関が代位行使し，かつ，国民の権利義務に直接影響を与えることになるので，監督権に関する規定があるだけでは足りず，特にその旨の明文の規定がある場合に限って行使することができると解される（自治154条の2参照）。
(4) 普通地方公共団体に対する国の関与
各大臣は，都道府県の自治事務の処理が法令に違反し，または著しく適正を欠き，かつ，明らかに公益を害していると認めるときは，是正の要求をすることができる（自治245条の5）。また，各大臣は，法定受託事務の処理が法令に違反し，または著しく適正を欠き，かつ，明らかに公益を害していると認めるときは，是正の指示をすることができ（同245条の7），一定の訴訟手続を経たうえで代執行をすることができる（同245条の8）。
国の行政は，原則として国の固有の機関によって行われる。
国の行政組織の頂点は，内閣である（憲65条・66条，内閣法）。しかし，すべての行政を内閣で処理することは不可能であるから，内閣の下に中央省庁等が置かれ，それぞれの行政部門を担任させ，その実施に当たらせている。内閣は，政令の制定その他憲法に定める職権を行う（憲73条，内1条）が，その職権を行うには閣議にかけるものとされる（内4条）。平成13年１月から施行された新たな中央行政機構は，内閣府，総務省，法務省，外務省，財務省，文部科学省，厚生労働省，農林水産省，経済産業省，国土交通省，環境省および内閣府に置かれる国家公安委員会・防衛庁の１府12省庁から成る。
内閣府は，内閣に置かれ，内閣の重要施策の企画立案・総合調整等を担当し，内閣の事務を助ける。内閣府の長は内閣総理大臣を当て，内閣機能の強化が図られ，内閣府令を発することができる（内閣府設置法参照）。総務省以下の12省庁は，内閣の統括の下に，行政事務をつかさどる。各省の長は，大臣をもって当てられ，それぞれ行政事務を分担管理し（行組2条・5条），その機関の事務を統括し，職員の服務について統督し（同10条），省令を発することができる（同12条）。各省には，副大臣（同16条），大臣政務官（同17条）が置かれ，政治主導型の体制がとられている。
各省には，外局として，委員会・庁を置くことができる（行組3条3項）。内閣府の公正取引委員会，総務省の公害等調整委員会，厚生労働省の中央労働委員会，法務省の公安審査委員会は，委員会の例であり，財務省の国税庁などは，庁の例である（同別表第一）。
国の行政機関には，法律の定める所堂事務の範囲内で，審議会等，施設等機関，特別の機関を置き（行組8条・8条の2・8条の3），また，その所掌事務を分掌させる必要がある場合には，地方支分部局（法務省の法務局，国税庁の国税局・税務署など）を置くことができる（同9条）。
地方公共団体の事務を処理するための組織が，地方自治組織である。ここでは，普通地方公共団体の組織の概要についてのみ説明することにする。
地方公共団体には，その議事機関として議会（都道府県議会・市町村議会），その執行機関として長（都道府県知事・市町村長）が置かれる（自治89条・139条）。いずれも，憲法上住民の直接選挙によるものとされている（憲93条2項）。
議会は，条例の制定改廃，予算の議決のほか，行政の運営について幅広い議決権が与えられている（自治96条）。したがって，議会は，単に立法機関であるだけではなく，地方公共団体の最高意思決定機関である。
長は，地方公共団体を統轄し，これを代表する行政執行の責任機関であり（同147条），当該地方公共団体の事務を管理し，執行する（同148条）。
長の権限に属する事務を分掌させるために，事務局部，出先機関が置かれ（同158条），また，長の補助機関として，都道府県には副知事・出納長などが置かれ，市町村には助役・収入役などが置かれる（同161条・168条）。
なお，地方公共団体の執行機関として，長のほかに，独立の機関として，教育委員会，選挙管理委員会，人事委員会・公平委員会，監査委員，公安委員会，地方労働委員会，収用委員会などが置かれる（同180条の5）。
住民は，議会の議員および長の選挙を通じて間接的に自治運営に参加する。そのほか，条例の制定改廃の請求，事務監査の請求（自治12条），議会の解散請求，議員・長等の解職請求（同13条）などの直接請求（プロポジション）の権利を有する。また，議会の解散請求，議員・長の解職請求や地方自治特別法（憲95条）に関して住民投票（レファレンダム）の権利が与えられ，さらに住民監査請求（自治242条）・住民訴訟（同242条の2）を提起することができる。この直接参政の制度が広く認められていることは，現行の地方自治制度の特色であり，住民自治の強化を示すものである。
公務員とは，狭義では，行政機関の地位にある人を，その地位を離れて，行政主体との間の勤務関係からみて捉えた観念である。公務員は，行政機関と異なり，行政主体に対して一定の権利を有し義務を負うという関係に立っている。公務員には，国家公務員と地方公務員とがあり，それぞれ国家公務員法および地方公務員法によって規律される。
公務員は，現行の憲法および公務員法のもとでは，国民全体の奉仕者であり，公務員を選定し罷免することは国民固有の権利である（憲15条）。このことから，公務員制度は，民主的であるとともに，政党支配から独立し，能力の原則（メリット・システム）を基本とする科学的，合理的な制度でなければならないことが要請される。
公務員は，身分保障の権利（国公75条，地公27条），給与請求権（国公66条，地公25条）その他の財産上の権利，勤務条件に関する措置要求権（国公86条，地公46条），不利益処分に対する審査請求権（国公90条〜92条の2，地公49条〜51条の2）などの権利を有する。国家公務員の定年は，原則として60歳である（国公81条の2第2項）。
公務員には，職務専念義務（国公101条，地公35条），法令および上司の命令に従う義務（国公98条1項，地公32条），信用失墜行為の禁止（国公99条，地公33条），守秘義務（国公100条，地公34条），政治的行為の制限（国公102条，地公36条），労働基本権の制限（国公98条2項・3項，108条の5，地公37条・55条）など，多くの義務が課されている。これらの義務の違反は懲戒事由となり（国公82条，地公29条），しかも，多くの場合に刑罰の対象となる（国公109条〜111条，地公60条〜62条）。平成11年には，公務員の職務に関する倫理を規律するため，国家公務員倫理法が制定され，主として接待や金品の受領の制限と資産の公開義務等が定められた。
以上の義務のなかでも，特に公務員の政治的行為や争議行為を禁止し，その違反に対して刑罰を科するものとしていることについては，違憲であるとの批判が強いが，最高裁は，いずれも合憲としている（政治的行為につき，最大判昭和49年11月６日。争議行為につき，最大判昭和41年10月26日，最大判昭和44年４月２日，最大判昭和48年４月25日，最大判昭和52年５月４日）。
公務員が公務員としての職務を適切に行わない場合には，分限・懲戒責任（国公78条・82条，地公28条・29条），弁償責任（会41条，物品管理31条〜33条，予算執行職員等の責任に関する法律），刑事責任（職権濫用罪，収賄罪などのほか，国公109条〜111条，地公60条〜62条参照）または民事責任（国賠1条に定める公務員の償還義務）が課される。
行政主体により公共の用に供される人的・物的手段の総合体を営造物という。学校，病院，図書館，公民館，鉄道，郵便などが，その例である。道路，河川などの公物を営造物と呼ぶこともある（国賠2条参照）。営造物は，権力行政組織と異なり，国民の生活配慮を目的とするものであるから，現代国家における給付行政の進展とともに，その数も増加し，種類も多様化している。最近では，営造物のことを，公共施設（都計4条14項，区画整理2条5項，行組8条の2）または公の施設（自治244条，行組8条の2）と呼ぶことも多い。
営造物の観念は，このように給付目的を担う組織を一元的に捉え，その自主性，専門性および管理運営などの面において，権力行政組織とは異なる特殊性に着目して立てられた概念である。特に閉鎖的営造物と呼ばれた学校，病院，刑務所などの利用者は，かつては特別の地位を取得することにより特別の義務を負担し，この関係においては，法治行政の原理が排除されると考えられた（いわゆる特別権力関係理論）が，現在では，その目的に照らし，必要かつ合理的な範囲にとどまる限り，法律の根拠に基づくことなく，人権の制約も可能であると解されている。また，営造物の管理関係については，従来，法令に特別の定めがない限り，私法の規定が適用されると考えられてきたが，最高裁は，国営国際空港のように，営造物の管理権が，高度の政策にかかわる行政権と不可分一体的に行使されているときには，純然たる民事上の関係とはいえないとの見解をとっている（最大判昭和56年12月16日）。
営造物の運営は，従来，国または地方公共団体自らの手によって行われることが多かったが，地方公営企業（例えば，鉄道・ガスなど）のように，経済的効率性が求められる事業（公企業）においては，予算および人事の柔軟性を確保するため，多かれ少なかれ組織上の独立性が認められている。なかには，特別の法律に基づき，営造物に法人格が付与されることもあり，これを営造物法人または独立営造物という。さらに，昭和60年代には，民間活力（民間資金・経営能力）の導入の必要性が強調され，一部の営造物法人（例えば，日本国有鉄道・日本専売公社・日本電信電話公社）が会社組織に改組された。また，最近では，独立行政法人，地方公社，第三セクター，地方公共団体が指定する団体（自治244条の2第3項）にその管理が委ねられることが少なくない。