行政事件訴訟（行政訴訟ともいう）は，裁判所によって，訴訟手続に従ってなされる行政事件の裁判である。
行政事件訴訟の裁判の特色は，第一に，憲法上その独立性が保障されている裁判所によってなされること（憲76条3項），第二に，行政事件，すなわち，行政法視の適用に関する訴訟事件であること，第三に，訴訟手続，すなわち，口頭弁論と証拠調べを中核とする公開の対審手続によってなされることである。
この意味において，行政事件訴訟は，行政庁による略式の手続を経て行われる行政不服審査とは性格を異にし，違法な行政作用から国民の人権を守るための最終的な法的保障手段なのである。
明治憲法の下においては，行政事件の裁判は，行政裁判所の管轄に属していた（61条）。行政裁判所は，裁判所という名称が付いていたが，司法権に属する裁判所ではなく，むしろ行政系統に属する一種の行政機関であった。
行政事件の裁判については，「行政裁判法」（明23法48）および「行政庁ノ違法処分ニ関スル行政裁判ノ件」（明23法106）が定められていたが，一審終審制が採用され，行政裁判所の独立性は不十分であり，出訴できる事項は，特に法令で列挙されたものに限られ（列記主義），手続上，書面審理も認められ，職権主義的色彩が強かったから，国民の権利救済制度としては，きわめて不備不完全なものであった。
日本国憲法の施行とともに，行政裁判制度は廃止され，行政事件の裁判をも含めて，一切の法律上の争訟が司法裁判所の管轄に属するものとされ，これにより違法な行政作用は司法審査に服することになった。
憲法施行に当たっては，「日本国憲法の施行に伴う民事訴訟法の応急的措置に関する法律」（昭22法75）を制定し，行政庁の違法な処分の取消しまたは変更を求める訴えについて出訴期間の定めを設けたほかは，民事訴訟法に従って裁判されるものとされた。しかし，その後，間もなく，平野力三氏の追放処分に対する仮処分が認められた（平野事件）のを契機として，行政事件訴訟の特殊性を考慮する必要があるとし，昭和23年，「行政事件訴訟特例法」（昭23法81）が制定された。
同法は，文字どおり民事訴訟法の特例であることを建前としたため，条文の数も少なく，規定内容も簡単で，解釈運用上の疑義が絶えなかった。そこで，同法を全面改正し，昭和37年に「行政事件訴訟法」（昭37法139）が制定された。
「行政事件訴訟については，他の法律に特別の定めがある場合を除くほか，この法律の定めるところによる」（行訴1条）とされ，かつ，「行政事件訴訟に関し，この法律に定めがない事項については，民事訴訟の例による」（同7条）と定められる。これは，同法が行政事件訴訟に関する基本法であることを定めるとともに，この法律に定めがない場合でも当然には民事訴訟法が適用されず，行政事件訴訟の本質に即した独自の理論，判例の発展が期待されていることを示すものである。
行政事件訴訟法は，昭和37年に制定され，多くの行政事件を処理してきたが，近年における行政需要の増大と行政作用の多様化に伴い，国民の権利利益のより実効性のある救済手続の整備が喫緊の課題となっていた。そこで，平成14年２月，司法制度改革推進本部に行政訴訟検討会が設置された。同検討会は，平成16年１月６日に「行政訴訟制度の見直しの考え方」を公表し，これを基に改正作業が進められてきたが，平成16年３月，「行政事件訴訟法の一部を改正する法律案」が国会に提出され，６月２日に可決成立し，６月９日に公布された。同改正法は，公布の日から１年を超えない範囲内において政令で定める日から施行される。
改正法は，@国民の権利利益の救済範囲の拡大を図ること，A審理の充実，促進を図ること，B行政訴訟をより利用しやすく，分かりやすくするための仕組みを整備すること，C本案判決前における仮の救済制度を整備することを目的としている。具体的には，次のとおりである。
@の内容として，(a)取消訴訟の原告適格について適切な判断を確保するために，原告適格の判断に当たって，法律の趣旨・目的や処分において考慮されるべき利益の内容・性質などを考慮すべき旨を定め（行訴9条2項），(b)訴訟類型として，一定の要件の下で行政庁が処分をすべきことを義務付ける「義務付けの訴え」を法定し（同3条6項・37条の2・37条の3），(c)訴訟類型として，一定の要件の下で行政庁が処分をすることを事前に差し止める「差止めの訴え」を法定し（同3条7項・37条の4），(d)当事者訴訟の例示として，「公法上の法律関係に関する確認の訴え」を明定した（同4条）。
Aの内容としては，裁判所が，釈明処分として，行政庁に対し，裁決の記録または処分の理由を明らかにする資料の提出を求めることができることとした（同25条の2）。
Bの内容としては，(a)処分をした行政庁の所属する国または公共団体を被告とし，被告適格を簡明化し（同11条），(b)国を被告とする抗告訴訟は，原告の住所地を管轄する高等裁判所所在地の地方裁判所にも提起することができることとして，抗告訴訟の管轄裁判所を拡大し（同12条），(c)取消訴訟の出訴期間を３か月から６か月に延長し（同14条），(d)取消訴訟の被告・出訴期間・不服甲立て前置等の情報提供（教示）制度を定めた（同46条）。
Cの内容としては，(a)執行停止の要件を「回復の困難な損害」から「重大な損害」に改め（同25条2項），その判断に当たっての考慮事項を定め（同条3項），(b)新たに，「仮の義務付け」および「仮の差止め」の制度を設けた（行訴37条の5）。
行政事件の裁判の性質については，明治憲法の下では，裁判手続で行われる行政作用と解する説が有力であった。この見解は，行政系統に属する特別の行政裁判制度を前提として構成されたもので，裁判の独立性を弱め，手続の略式化，職権主義，出訴事項の制限などを正当化する根拠となっていた。
日本国憲法の下でも，憲法にいう司法権とは民事・刑事の裁判のみを指し，行政事件の裁判はこれに含まれず，現行制度上司法裁判所が行政事件の裁判権を有するのは，裁判所法によって特に付与されたものであると解する説がある。
しかし，通説は，日本国憲法には，明治憲法61条のような行政裁判を認める積極的な規定がないこと，行政機関の終審裁判を禁止していること（憲76条2項），行政庁の処分の運憲判断を裁判所に委ねていること（同81条）などを根拠に，憲法で定める司法権とは一切の法律上の争訟に関する裁判（裁3条）を指し，したがって，行政上の争訟を裁判する行政事件訴訟も，司法権の範囲内に含まれると解している。
行政事件訴訟の裁判は，右に述べたように司法権の作用であり，かつ，行政事件についての「裁判を受ける権利」は奪われない（憲32条）から，国民は，一切の行政上の争訟について裁判所に訴えを提起し，その裁判を受けることができる。
行政訴訟が提起できる事項の定め方として，一切の行政上の争訟について出訴を許す仕方（概括主義）と，法令で列記された事項についてのみ出訴を認める仕方（列記主義）とがある。旧行政裁判法は，列記主義をとっていた。日本国憲法の下では，「裁判の拒絶」は許されないから，出訴事項に関する概括主義は，憲法上の要請であり，列記主義をとることは，憲法上許されない。
もっとも，概括主義が妥当するといっても，行政に関する一切の不服について出訴が認められるわけではない。そこには，行政権と司法権との分立および行政事件訴訟が行政権の行使に対する裁判的統制であることからする限界がある。
(1) 統治行為
統治行為とは，国家の存立や国家統治の基本に関するような高度の政治性を有する国家最高機関（国会や内閣）の行為（日米安保条約の締結，国会の解散など）をいう。このように高度の政治的判断を伴う行為については，もっぱら法律的判断のみを使命とする司法裁判所の審査になじまないとして，司法審査が自制される（砂川事件につき，最大判昭和34年12月16日刑集13巻13号3225頁。苫米地事件につき，最大判昭和35年６月８日民集14巻７号1206頁）。
(2) 事件争訟性 行政事件訴訟は，当事者間における具体的な権利義務に関する紛争に法規を適用して，これを解決するものであるから，事件争訟性（争訟の成熟性）や訴えの利益（原告適格）を欠くものは，司法審査の対象にはならない。判例は，抽象的な法令の効力を争う訴訟（警察予備隊事件につき，最大判昭和27年10月８日民集６巻９号783頁），学術技能に関する試験に対する訴訟（最判昭和41年２月８日民集20巻２号196頁），一般市民法秩序と直接の関係を有しない特殊な部分社会における法律上の係争（最判昭和52年３月15日民集31巻2号234頁），行政計画に対する訴訟（最大判昭和41年２月23日民集20巻２号271頁），町名変更決定を争う訴訟（最判昭和48年１月19日民集27巻１号1頁），果汁飲料等の不当表示を争う訴訟（最判昭和53年３月14日民集32巻２号211頁），海面埋立免許の取消しを求める訴訟（最判昭和60年12月17日判時1179号56頁）につき，いずれも右の理由により，これを却下している。
(3) 行政庁の第一次的認定判断権 行政庁は，行政行為を行うに当たり，法律により，第一次的に認定判断を行う権能が与えられている。判例は，行政庁の第一次的認定判断が下される事前に，裁判所がこれに代わって判断する（処分禁止その他事前のコントロール）とか，行政庁の第一次的認定判断に代えて，裁判所目らが認定判断する（裁判所が行政処分をするとか，特定の行政処分をすべき旨の義務づけをする）ことは，司法権が行政権の第一次的認定判断権を侵すことになり，許されないとしていたが（最判昭和33年２月25日民集12巻２号348頁，最判昭和47年11月30日民集26巻９号1746頁），平成16年の行政事件訴訟法の改正により，義務付けの訴え・差止めの訴えが法定されることになった。
(4) 行政裁量 行政庁の裁量に属する行為も司法審査の対象となるが，裁量権の範囲を超え，またはその濫用があり，裁量の行使が違法となる場合のほかは，取消しの対象にはならない（行訴30条。裁量行為については，第５章３参照）。
行政訴訟事項について概括主義が採用されていても，訴訟の方法が制限されていては，国民の権利救済は全うされない。したがって，行政事件訴訟において，どのような訴訟方法が認められるかは，きわめて重要な問題である。
民事訴訟においては，原告の求める判決の内容に応じて，給付訴訟，形成訴訟および確認訴訟の３種が認められている。しかし，行政事件訴訟は，行政訴願に由来する歴史的沿革および国民の権利救済のほか行政の法的統制を目的とする点で，民事訴訟と性質を異にするうえ，司法権と行政権との分立の趣旨にかんがみ，行政権の行使に対する司法審査には制約があることも考慮しなければならない。そこで，行政事件訴訟法は，行政庁の公権力の行使に関する不服の訴訟（抗告訴訟）を中心に据えて，いろいろの特殊性を認めるとともに，抗告訴訟，当事者訴訟，民衆訴訟および機関訴訟の４つの訴訟類型を認めた。
抗告訴訟とは，行政庁の公権力の行使に関する不服の訴訟である（行訴3条1項）。行政事件訴訟法は，抗告訴訟の類型として，@処分の取消しの訴え，A裁決の取消しの訴え，G無効等確認の訴え，C不作為の違法確認の訴え，D義務付けの訴え，E差止めの訴えの６つを定めている（法定抗告訴訟）。
これは，行政庁の処分その他公権力の行使に当たる行為（以下，処分と総称する。ただし，不服申立てに対する裁決，決定などを除く）の取消しを求める訴訟である（同3条2項）。
行政処分は，それが仮に違法であっても有効であり，関係人を拘束する力（公定力）を有する。したがって，関係人がこの違法な拘束力から解放されるためには，違法に権利または法律上の利益を侵害している処分の法的効果を除去する必要がある。このような処分の法的効果を判決によって除去するために提起される訴訟が，処分の取消しの訴えである（処分の取消しの訴えの訴訟手続については，本章５・６参照）。
これは，審査請求，異議申立てその他の不服申立てに対する行政庁の裁決，決定その他の行為（以下，裁決と総称する）の取消しを求める訴訟である（同3条3項）。
行政事件訴訟特例法の下では，処分の取消しの訴えと裁決の取消しの訴えとが区別されていなかったので，審査請求の裁決で原処分が維持された場合，原処分の取消訴訟を提起すべきか，それとも裁決の取消訴訟を提起すべきかについて混乱を生じていた。そこで，行政事件訴訟法は処分の取消しの訴えと裁決の取消しの訴えとを区別するとともに，裁決の取消しの訴えにおいては，裁決の手続上の違法その他裁決固有の違法しか主張できないことにし，原処分の違法を主張するためには，処分の取消しの訴えによらなければならないものとした（同10条2項）。これを原処分主義という。
これは，処分もしくは裁決の存否またはその効力の有無の確認を求める訴訟である（行訴3条4項）。無効等確認の訴えの中で中心をなすのは，無効確認訴訟である。
無効等確認訴訟は，特例法には明文の規定がなく，判例法によって認められてきた訴訟形態であるが，本法は，これをそのまま制度上に承継したものではなく，これを提起できる資格が著しく制限されている。すなわち，無効等確認の訴えは，当該処分等に続く処分により損害を受けるおそれのある者その他当該処分等の無効等の確認を求めるにつき法律上の利益を有する者で，当該処分等の存否またはその効力の有無を前提とする現在の法律関係に関する訴えによって目的を達することができないものに限り，提起することができる（同36条）。
行政事件訴訟法36条にいう当該無効等の確認を求めるにつき「法律上の利益を有する者」とは，同法九条の取消訴訟の原告適格の場合と同義である（266頁参照）。また，ここに当該処分の「効力の有無を前提とする現在の法律関係に関する訴えによって目的を達することができないもの」とは，当該処分に基づいて生ずる法律関係に関し，処分の無効を前提とする当事者訴訟または民事訴訟によっては，その処分のため被っている不利益を排除することができない場合はもとより，当該処分に起因する紛争を解決するための争訟形態として，当該処分の無効を前提とする当事者訴訟または民事訴訟との比較において，当該処分の無効確認を求める訴えのほうがより直裁的で適切な争訟形態であるとみるべき場合をも意味する（最判平成４年９月22日）。
ところで，右のような現在の法律関係に関する訴訟は，通常，民事訴訟の形をとることになるが，その前提問題として処分等の存否またはその効力の有無が争われているのであるから，行政事件訴訟法は，争点限りで抗告訴訟に準じた特別の取扱い（行政庁への出訴の通知，行政庁の訴訟参加，釈明処分の時則，職権証拠調べ）をすることにした（同45条）。これが争点訴訟と呼ばれるものである。
これは，行政庁が法令に基づく申請に対し，相当の期間内に何らかの処分または裁決をすべきであるにかかわらず，これをしないことについての違法の確認を求める訴訟である（同3条5項）。
従来，行政庁の不作為に対しては，これを争う途がなく，国民の権利保護に欠けていたため，行政事件訴訟法においてはじめて設けられたものである。不作為の違法が判決によって確定されると，行政庁は何らかの処分をしなければならない拘束を受ける（同33条）。
義務付けの訴えとは，@行政庁が一定の処分をすべきであるにかかわらずこれがされないとき（Aの場合を除く），またはA行政庁に対し一定の処分または裁決を求める旨の法令の規定に基づく申請または審査請求がされた場合において，当該行政庁がその処分または裁決をすべきであるにかかわらずこれがされないときに，行政庁がその処分または裁決をすべき旨を命ずることを求める訴訟をいう（行訴3条6項）。
このように，義務付け訴訟には，@の類型とAの類型との２つがある。平成16年の改正前においては，義務付けの訴えに関する規定はなく，かつ，判例はその許容性を厳格に解する傾向にあった。他方において，金銭または物の給付等を求める給付行政などが増大してきたことから，受給者等の法的地位を保護するため，要件を明確にする必要が生じ，義務付けの訴えが法定された。
上記@の類型の義務付けの訴えは，一定の処分がされないことにより重大な損害を生ずるおそれがあり，かつ，その損害を避けるため他に適当な方法がないときに限り，提起することができる（同37条の2第1項）。裁判所は，右の重大な損害を生ずるか否かを判断するに当たっては，損害の回復の困難の程度を考慮するものとし，損害の性質・程度および処分の内容・性質をも勘案するものとする（同条2項）。義務付けの訴えは，行政庁が一定の処分をすべき旨を命ずることを求めるにつき法律上の利益を有する者に限り，提起することができる（同条3項）。この法律上の利益の有無の判断については，処分の取消しの訴えの原告適格に関する考慮規定（行訴9条2項）が準用される（同37条の2第4項）。
上記Aの類型の義務付け訴訟は，(a)法令に基づく申請または審査請求に対し相当の期間内に何らの処分または裁決がされないとき，(b)法令に基づく申請または審査請求を却下し，または棄却する旨の処分または裁決がされた場合において，当該処分または裁決が取り消されるべきものであり，または無効もしくは不存在であるときに限り，提起することができる（行訴37条の3第1項）。このAの類型の義務付け訴訟は，当該法令に基づく申請または審査請求をした者に限り，提起することができる（同条2項）。
Aの類型の義務付け訴訟は，処分・裁決に係る不作為の違法確認の訴え，処分・裁決にかかる取消訴訟または無効等確認の訴えと，その機能が一部重なり合う。そこで，右(a)の場合に義務付け訴訟を提起するときは，処分または裁決にかかる不作為の違法確認の訴えをその義務付けの訴えに併合して提起しなければならないとし，右(b)の場合に提起するときは，処分または裁決にかかる取消訴訟または無効等確認の訴えを，義務付け訴訟に併合して提起しなければならないこととした（行訴37条の3第3項）。
差止めの訴えとは，行政庁が一定の処分または裁決をすべきでないにかかわらずこれがされようとしている場合において，行政庁がその処分または裁決をしてはならない旨を命ずることを求める訴訟をいう（行訴3条7項）。
差止めの訴えは，@一定の処分・裁決がされることにより重大な損害を生ずるおそれがある場合で，Aその損害を避けるため他に適当な方法がないときに限り，B行政庁が一定の処分・裁決をしてはならない旨を命ずることを求めるにつき法律上の利益を有する者に限り，提起することができる（同37条の4第1項・3項）。
差止めの訴えの要件である「重大な損害」を生ずるか否かの判断に当たっては，損害の回復の困難の程度を考慮するものとし，損害の性質・程度，処分・裁決の内容・性質をも勘案するものとする（同条2項）。
行政庁がその処分・裁決をすべきでないことが法令の規定から明らかであると認められ，または行政庁がその処分・裁決をすることがその裁量権の範囲を超え，または濫用となると認められるときは，裁判所は，行政庁がその処分・裁決をしてはならない旨を命ずる判決をする（同条5項）。
義務付けの訴えと差止めの訴えが創設されたことに伴い，処分の執行停止とは異なる形での仮の救済を与えることが可能になった。これが，仮の義務付けおよび仮の差止めである。
仮の義務付けは，処分・裁決がされないことにより生ずる償うことのできない損害を避けるため緊急の必要があり，かつ，本案について理由があるとみえるときは，裁判所は，申立てにより，決定をもって，することができる（行訴37条の5第1項）。仮の差止めも，仮の義務付けと同じ要件の下に認められる（同条2項）。仮の義務付けも仮の差止めも，公共の福祉に重大な影響を及ぼすおそれがあるときは，することができない（同条3項）。
当事者訴訟とは，@当事者間の法律関係を確認し，または形成する処分または裁決に関する訴訟で法令の規定によりその法律関係の当事者の一方を被告とするもの（形式的当事者訴訟）およびA公法上の法律関係に関する確認の訴えその他の公法上の法律関係に関する訴訟（実質的当事者訴訟）をいう（行訴4条）。平成16年の行政事件訴訟法の改正により「公法上の法律関係に関する確認の訴え」が当事者訴訟の類型として例示された。これは，行政と国民との権利義務関係の多様化に対応し，確認訴訟の活用を図ることが国民の権利救済に資するとの意図に出たものである。
右@の例としては，土地収用に基づく損失補償額についての収用委員会の裁決に不服がある場合には，土地収用法の規定により，起業者が土地所有者または関係人を被告として提起する減額請求訴訟または土地所有者または関係人が起業者を被告として提起する増額請求訴訟（収用133条3項）があり，Aの例としては，公務員の給与や損失補償の請求訴訟がある。当事者訴訟については，行政庁の訴訟参加（行訴23条），職権証拠調べ（同24条），判決の拘束力（同33条1項）などの規定が準用される（同41条）。
これは，国または公共団体の機関の法規に適合しない行為の是正を求める訴訟で，選挙人たる資格その他自己の法律上の利益にかかわらない資格で提起されるものである（行訴5条）。
民衆訴訟は，自己の法律上の利益にかかわらない資格で提起されるものだから，「法律上の争訟」には当たらないが，法規の適正な適用を確保するという一般的利益のために認められたものである。したがって，民衆訴訟は，「法律に定める場合において，法律に定める者に限り，提起することができる」（同42条）。
民衆訴訟の典型的な例としては，公職選挙法による選挙訴訟（203条・204条）または当選訴訟（207条・208条），地方自治法に定める住民訴訟（242条の2）などがある。
この住民訴訟は，普通地方公共団体の長などが，違法または不当な公金の支出や財産の管理，処分を行ったときに，監査委員に対する住民監査請求（自治242条）を経て提起されるもので，その目的も会計経理の是正，公害防止・環境保全，文化財保護，政教分離など広範囲に及び，地方行政の民主化，公正化に果たしている役割は大きいが，処分取消訴訟の原告適格が制限されていたためであろうか，最近やや濫訴の傾向が現れている。
機関訴訟とは，国または公共団体の機関相互間における権限の存否またはその行使に関する紛争についての訴訟である（行訴6条）。
行政機関相互間の権限の争いは，行政部内の紛争であるから，本来行政部内で解決すべき問題であって，「法律上の争訟」に当たらない（最判昭和28年６月12日民集７巻６号663頁）が，特に法律が公正な裁判所の判断を求め，訴訟手続による解決を求めている場合がある（同42条）。その例として，地方自治法176条に規定する地方公共団体の長と議会との争いや，同法251条の5に規定する国の関与に関する訴え，同法252条に規定する都道府県の関与に関する訴えなどがある。
従来，国の機関委任事務の執行を求める訴訟として，職務執行命令訴訟（マンディマス）が認められていたが，機関委任事務の廃止と国の関与の在り方の改革に伴い，国と地方公共団体との間の係争処理の仕組みと国の関与に関する訴えの提起について，次のように改められた。
国の関与のうち公権力の行使に当たるもの（是正の要求，許可の拒否その他の処分）に不服があるとき，または国の不作為に不服があるときは，普通地方公共団体の長その他の執行機関は，当該関与を行った国の行政庁または不作為庁を相手方として，国地方係争処理委員会に審査の申出をすることができる（自治250条の13）。委員会は，審査を行い，自治事務に関する国の関与が違法でなく，かつ，普通地方公共団体の自主性および自立性を尊重する観点から不当でないと認めるときは，両当事者に通知し，公表する。国の関与が，違法または普通地方公共団体の自主性および自立性を尊重する観点から不当であると認めるときは，国の行政庁に対し，必要な措置を講ずべきことを勧告する。法定受託事務に関する国の関与について審査の申出があった場合については，審査を行い，国の関与が違法でないと認めるときは，両当事者に通知し，公表する。国の関与が違法であると認めるときは，国の行政庁に対し，必要な措置を講ずべきことを勧告する（同250条の14）。
審査の申出をした普通地方公共団体の長その他の執行機関は，委員会の審査の結果・勧告または国の行政庁の措置などに不服があるときは，高等裁判所に対し，国の行政庁を被告として，違法な国の関与の取消しまたは国の不作為の違法の確認を求めることができる（同251条の5）。都道府県と市町村の機関相互間の紛争についても，これに準じた規定が定められている（同252条）。
この国の関与に関する訴えおよび都道府県の関与に関する訴えの性質については，機関訴訟とみる見解が通説である。
平成16年の行政事件訴訟法の改正により，義務付け訴訟，差止訴訟，公法上の確認の訴えが法定され，国民による訴訟類型の選択肢が拡大されたが，改正法においても，抗告訴訟の一類型としての処分取消訴訟の重要性は失われるものではない。そこで，以下，処分取消訴訟を中心として，その手続の要点を述べることにする。
処分取消訴訟について本案判決を得るためには，@違法と主張される行政庁の処分が存在すること，A原告適格を有する者が自己の法律上の利益に関係のある違法を主張して提起すること，B被告適格を有する行政庁等を被告として提起すること，C一定の形式を具えた訴状をもってすること，D管轄権のある裁判所に提起すること，E審査請求前置がとられているときは，これを経ること，F一定の出訴期間内に提起すること，などの要件（訴訟要件または本案判決要件）を具備することを要する。以下，順にその概要を述べることにする。
処分取消訴訟の対象となり得るものは，行政庁の処分に限られる。ここにいう「処分」とは，行政行為とほぼ同一の概念であって（第５章１参照），行政庁が，具体的事実を規律するために，外部に対して行う直接の法的効果を生ずる公権的行為である（最判昭和39年10月29日など）。
下級審の判例の中には，右の「法的効果」と「公権性」の意味を緩やかに解し，処分概念を拡張するものもあるが，最高裁は，これを厳格に解し，ごみ焼却場の設置（前出最判昭和39年10月29日），保険医に対する戒告（最判昭和38年６月４日）・禁猟区設定行為（最判昭和40年11月19日），土地区画整理事業計画（最大判昭和41年２月23日），日本鉄道建設公団に対する工事実施計画の認可（最判昭和53年12月８日），都市計画区域内における工業地域の指定（最判昭和57年４月22日），交通反則金の通告（最判昭和57年７月15日），公共施設管理者の都市計画法32条による同意（最判平成７年３月23日）などの処分性を否定した。しかし，関税定率法による輸入禁制品該当の通知（最判昭和54年12月25日），土地区画整理組合の設立認可（最判昭和60年12月17日），市町村宮の土地改良事業の施行認可（最判昭和61年２月13日），用地買収方式の第二種市街地再開発事業計画決定（最判平成４年11月26日）につき，その処分性を認めるなど，最近は，処分概念を若干拡張する傾向にある。
処分取消訴訟の原告となり得る者は，当該処分の取消しを求めるにつき法律上の利益を有する者でなければならない（行訴9条1項）。処分の効果が期限の経過その他の理由によりなくなった後においてもなお処分の取消しによって回復すべき法律上の利益を有する者にも，原告適格が認められる（同項かっこ書）。
平成16年の行政事件訴訟法の改正により，処分の相手方以外の第三者について，右の「法律上の利益」を判断するに当たっての考慮事項が定められた。すなわち，@当該処分の根拠となる法令の規定の文言のみによるべきでないこと，A法令の趣旨・目的や処分において考慮されるべき利益の内容・性質を考慮すること，B法令の趣旨・目的を考慮するに当たっては，当該法令と目的を共通にする関係法令があるときはその趣旨・目的をも参酌すること，C当該利益の内容・性質を考慮するに当たっては，当該処分がその根拠となる法令に運反してされた場合に害されることとなる利益の内容・性質やこれが害される態様・程度をも勘案するものとすること，とされた（同条2項）。
従来，右の「法律上の利益」の意味については，@法律が直接保護している利益に限るとする説と，A裁判上の保護を与えるに値する利益と解する説とに分かれていた。A説の方が，法律上の利益の範囲を広く認めることになる。最高裁の判例は，基本的には@説の立場に立ちつつ，実定法の規定を手がかりとして，競業者（最判昭和37年１月19日），競願者（最判昭和43年12月24日），保安林の指定が違法に解除されたことにより，自己の生活利益が害される一定範囲の地域に居住する住民（最判昭和57年９月９日），新潟空港周辺住民（最判平成元年２月17日），原子炉周辺に居住する住民（最判平成４年９月22日），開発行為により生命・身体等に被害が直接的に及ぶことが予想される地域住民（最判平成９年１月28日）につき，原告適格を認めるなど，訴えの利益概念を若干拡張，緩和してきた。
なかでも，右の新潟空港訴訟判決は，行政事件訴訟法九条にいう「法律上の利益を有する者」とは，「当該処分により自己の権利若しくは法律上保護された利益を侵害され又は必然的に侵害されるおそれのある者をいう」としたうえで，「当該処分を定めた行政法規が，不特定多数者の具体的利益をもっぱら一般的公益の中に吸収解消させるにとどめず，それが帰属する個々人の個別的利益としてもこれを保護すべきものとする趣旨を含むと解される場合には，かかる利益も右にいう法律上保護された利益に当た」り，右の判断は，「当該行政法規及びそれと目的を共通する関連法規の関係規定によって形成される法体系の中において，当該処分の根拠規定が，当該処分を通して右のような個々人の個別的利益をも保護すべきものとして位置付けられているとみることができるかどうかによって決すべきである」と判示した。
平成16年の行政事件訴訟法の改正は，原告適格を拡張的に認めてきたこれまでの最高裁判例を整理し，処分の相手方以外の第三者の原告適格が問題となる事案の解釈についての考慮事項を示し，実質的に原告適格の拡大を企図したものである。
処分をした行政庁が国または公共団体に所属する場合には，処分取消訴訟は，当該処分をした行政庁の所属する国または公共団体を被告として提起しなければならない（行訴11条1項）。処分をした行政庁が国または公共団体に所属しない場合には，取消訴訟は，当該行政庁を被告として提起しなければならない（同条2項）。
国・公共団体を被告として取消訴訟を提起する場合には，訴状に処分をした行政庁を記載する（同条4項）。被告行政庁は，遅滞なく，裁判所に対し，処分をした行政庁を明らかにしなければならない（同条5項）。
平成16年改正前の規定では，被告適格は処分をした行政庁とされていた。これは，理論的には，取消訴訟が処分の権限の行使の違法を争う訴訟であり，したがって権限を有する行政庁を被告とすべきであるとの考えに支えられていた。しかし，取消訴訟を処分の効力の違法を争う訴訟の性質をもっと考えるならば，効果の帰属主体である国・公共団体を被告とするのが理論的にも正当であるとの考えも成り立ち得る。また，従来，機関委任事務については，当該行政庁が国，公共団体のいずれに属するか不明確であったが，機関委任事務の廃止により，行政庁の所属する行政主体がかなり明確になり，このような懸念は解消された。さらに，第三者が処分の効力を争うとき，被告とすべき行政庁が明確でないため，訴訟の提起が困難である場合のあること，取消訴訟の目的である請求を損害賠償その他の請求に変更する場合，訴えの変更などの煩項な手続を要することなどが指摘されていた。そこで，平成16年の行政事件訴訟法の改正により，被告適格を行政庁が所属する国・公共団体としたのである。
国または公共団体を被告とする取消訴訟については，処分庁・裁決庁が裁判上の一切の行為をする権限を有する（同条6項）。
民事訴訟法の定めるところにより，一定の形式を具えた訴状を提出しなければならない（行訴7条・11条4項）。
行政庁が，処分をする場合には，その相手方に対し，当該処分にかかる取消訴訟の被告とすべき者，出訴期間等を書面で教示しなければならない（行訴46条）。
取消訴訟は，原則として，被告の普通裁判籍の所在地を管轄する裁判所または処分をした行政庁の所在地を管轄する裁判所の管轄に属する（行訴12条1項）。例外として，国または独立行政法人等を被告とする取消訴訟は，原告の普通裁判簿の所在地を管轄する高等裁判所の所在地を管轄する地方裁判所（これを「特定管轄裁判所」という）にも提起することができる（同条4項）。
国に所属する行政庁は主務大臣である場合が多いことから，これまでは国を被告とする訴訟は東京地裁に提訴しなければならず，地方在住の原告にとって大きな負担になっていたので，身近な裁判所に提訴できるよう，このように管轄裁判所の拡大が図られた。
行政不服審査法その他の法令により行政庁に対して不服申立てをすることができる場合には，不服申立てをしてもよいし，直ちに処分取消訴訟を提起しても差し支えない（行訴8条1項本文）。ただし，課税処分のように，特に法律によって，不服申立てに対する裁決を経た後でなければ，訴えを提起することができないと定められている場合は，この限りでない（同項但書）。このように，行政事件訴訟法は，原則的には，自由選択主義を採用したが，例外的に審査請求前置を認めている。無効等確認訴訟については，法律で審査請求前置が定められている場合でも，これを経ることを要しない。
取消訴訟は，正当な理由がある場合を除き，原則として，処分があったことを知った日から６か月を経過したとき，または，処分の日から１年を経過したときは，提起することができない（行訴14条1項・2項）。
処分取消訴訟の提起は，処分の効力，処分の執行または手続の続行を妨げない（行訴25条1項）。これを執行不停止の原則という。これは，実体的には公定力の訴訟法的投影であり，政策的には行政の円滑な連行を保障し，濫訴の弊を防止するためである。執行不停止の原則は，無効等確認訴訟についても，準用される（同38条3項）。
しかし，処分の執行等により重大な損害の生ずることを避けるため緊急の必要があると認められる場合にも，この執行不停止の原則を貫くことは，権利救済に欠けることになる。そこで，このような場合には，裁判所は，申立てにより，決定をもって処分の執行等を停止することができることにしている（同25条2項）。これが，執行停止の制度である。
平成16年改正前の行政事件訴訟法では，執行停止の要件は「回復の困難な損害を避けるため緊急の必要があるとき」とされていたが，この要件は厳格に過ぎるとの批判もあったので，「回復の困難な損害」の要件を「重大な損害」に改め，かつ，損害の重大性の判断に当たって考慮事項が定められた（同条3項）。すなわち，裁判所は，重大な損害が生ずるか否かを判断するに当たっては，損害の回復の困難の程度を考慮するものとし，損害の性質・程度，処分の内容・性質をも勘案するものとするとされた（同項）。
もっとも，執行停止が公共の福祉に重大な影響を及ぼすおそれがあるとき，または本案について理由がないとみえるときはすることができない（行訴25条条4項）。また，内閣総理大臣が公共の福祉に重大な影響を及ぼすおそれがあるものとして異議を述べたときは，執行停止をすることができず，また，すでにした執行停止の決定を取り消さなければならない（行訴27条）。内閣総理大臣は，異議を述べたときは，次の常会において国会に報告しなければならない（同条6項）。
行政庁の処分その他公権力の行使に当たる行為については，民事保全法に規定する仮処分をすることはできない（行訴44条）。
処分取消訴訟においても，民事訴訟におけると同じく，弁論主義が妥当するので，裁判所は，当事者が申し立てていない事項について，審理，判決することができない（民訴246条）。本案審理の対象（訴訟物）は，当該処分の違法性の存否である。裁量処分も，その違法が主張される場合には審理の対象となる。取消訴訟で裁判所が判断すべき事項は係争の処分が違法に行われたかどうかである（処分時説）から，裁判所は処分後の事情の変動を参酌して判断すべきものではない（違法判断の基準時につき，最判昭和27年１月25日，最判昭和28年10月30日）。
行政委員会が認定した事実については，裁判所の証拠調べに制限が加えられることがある。行政委員会の認定した事実は，これを立証する実質的な証拠があるときは，裁判所を拘束するものとし，新たな証拠の申出が制限される（独禁80条，電波99条，土地利用調整52条・53条3項）。
処分取消訴訟も，弁論主義を基調とするが，民事訴訟以上に訴訟資料を豊富にし，実体的真実発見を期する必要が大きい。この趣旨から，職権による第三者または処分・裁決をした行政庁以外の行政庁の訴訟参加（行訴22条・23条），釈明処分の特則（同23条の3），職権証拠調べ（同24条）など，職権主義の要素が加味されている。当事者または第三者の申立てによる第三者の訴訟参加（同22条），当事者または処分・裁決をした行政庁以外の行政庁の申立てによる行政庁の訴訟参加（同23条）も認められる。
裁判所は，訴訟関係を明確にするため，必要があると認めるときは，被告（国・公共団体に所属する行政庁または被告である行政庁）または被告以外の行政庁に対し，その保有する資料であって，@処分・裁決の内容，A処分・裁決の根拠となる法令の条項，B処分・裁決の原因となる事実，Cその他処分・裁決の理由を明らかにする資料の全部または一部の提出を求め，またはその送付を嘱託することができる（行訴23条の2第1項）。
また，裁判所は，処分についての審査請求に対する裁決を経た後に取消訴訟の提起があったときは，被告（国・公共団体に所属する行政庁または被告である行政庁）および被告以外の行政庁に対し，これらの行政庁が保有する事件の記録の全部または一部の提出を求め，またはその送付を嘱託することができる（同条2項）。
行政決定の過程の合理性を追及することを目的とする取消訴訟においては，とりわけ被告行政庁の側に偏在する証拠資料が法廷に顕出される必要が大きい。また，審査裁決を経た後の原処分取消訴訟において，裁決庁から裁決にかかる資料が迅速に提出されないため審理の遅延を招き，実体的真実発見が困難になるとの指摘もされていた。そこで，平成16年の行政事件訴訟法の改正において，審理の充実，促進の必要から，民事訴訟法151条の特則として，以上のような定めが置かれた。
裁判所は，必要があるときは，職権で証拠調べをすることができる（行訴24条）。この職権証拠調べは，弁論主義を基調とする現行制度の下では，裁判所が当事者の主張しない事実を探索して判断の資料に供する職権探知主義まで認めたものではない。当事者の主張する事実で証拠が不十分なため心証が得られない場合にのみ，補充的に証拠調べを職権で行うことができることを認めたものと解される（最判昭和28年12月24日民集７巻13号1604頁）。しかし，実際には，この補充的職権証拠調べも，ほとんど行われていない。
民事訴訟法理論によれば，一般に，自己に有利な法規の要件事実について主張する者が，証明責任を負うとされる。判例は，行政訴訟においても，概ねこの法理に従い，証明責任の分配を決している。
処分取消訴訟においては，被告行政庁が処分の適法であることの証明責任を負うことについては，判例・学説ともに異論がない（最判昭和38年３月３日参照）。
裁量処分の取消訴訟において，裁量権の逸脱または濫用がある場合には，処分は違法となるが，この場合に，被告行政庁または原告のいずれが証明責任を負担するかについては，説が分かれている。特段の事情が認められない限り，裁量処分の取消事由を主張する原告が証明責任を負うと解するのが相当であろう。
伊方原発訴訟最高裁判決は，原子炉施設の安全性に関する被告行政庁の専門技術的判断の適否が争われる原子炉施設許可処分の取消訴訟においては，「被告行政庁がした右判断に不合理な点があることの主張，立証責任は，本来，原告が負うべきものと解されるが，当該原子炉施設の安全審査に関する資料をすべて被告行政庁の側が保持していることなどの点を考慮すると，被告行政庁の側において，まず，……被告行政庁の判断に不合理な点のないことを相当の根拠，資料に基づき主張，立証する必要があり，被告行政庁が右主張，立証を尽くさない場合には，被告行政庁がした右判断に不合理な点があることが事実上推認される」と判示している（最判平成４年10月29日）。
処分の無効確認訴訟においては，原告が，処分に無効原因たる重大かつ明白な瑕疵があることを主張，立証することを要する（最判昭和42年４月７日）。
これは，本案判決をするために具備すべき要件（訴訟要件）を欠き，訴えが不適法である場合，本案の審理を拒絶する判決である。
これは，本案（処分の違法性の存否）について審理した結果，原告の請求を 理由がない（処分が違法でない）として，その請求を排斥する判決である。請求棄却の判決によって，当該処分が違法でないことが確定される。
なお，請求棄却の判決の変型として，事情判決と呼ばれるものがある。これは，取消訴訟において，処分が違法である（したがって，本来ならば取り消すべきである）が，裁判所として，一切の事情を考慮したうえ，処分を取り消すことが公共の福祉に適合しないと認めるときは，請求を棄却することができるものとされている。この場合，後の損害賠償請求を容易ならしめるため，処分が違法であることを宣言しなければならない（行訴31条）。
判例としては，土地改良区設立認可取消訴訟において，事情判決を宣言したものがあり（最判昭和33年７月25日），また，議員定数是正訴訟において，事情判決の法理は，「一般的な法の基本原則」であるとして，その趣旨を援用している（最大判昭和51年４月14日）。
原告の請求を理由ありとして，処分の全部または一部を取り消す判決である。これにより，当該処分の違法が確定される。取消判決は，第三者に対しても効力を有し（取消判決の第三者効。行訴32条1項），その事件について処分または裁決をした行政庁その他の関係行政庁を拘束する（取消判決の拘束力。同33条1項）。無効確認判決が第三者効を有するかどうかについては，取消訴訟の第三者効に関する規定の準用がないことから，学説上争いがある（旧行政事件訴訟特例法下の事件において，最判昭和42年３月14日民集21巻２号312頁は，無効確認判決に第三者効を肯定する）。
処分取消判決により権利を害された第三者で，自己の責めに帰することができない理由により訴訟に参加することができなかったため判決に影響を及ぼすべき攻撃または防禦の方法を提出することができなかった者は，確定の終局判決に対して再審の訴えを提起することができる（行訴34条）。