生体内にはビタミンやコラーゲンをはじめとして多くの自発蛍光物質があり，眼球では角膜，水晶体，網膜などで自発蛍光が観察される．網膜では，主に青色光(488
nm付近)により励起される自発蛍光が臨床診断に使われている(図1).赤外光でも自発蛍光が観察されるが，本項では青色光励起による眼底自発蛍光について述べる．
眼底自発蛍光は，主に網膜色素上皮(ＲＰＥ)細胞内のリポフスチンに由来する．その有無や多寡により自発蛍光の輝度が変化するため，眼底自発蛍光は主にＲＰＥの機能評価に用いられる．過蛍光はＲＰＥの機能障害を，低蛍光はＲＰＥの萎縮・消失と解釈される。.しかし，最近，自発蛍光物質は視細胞外節やBruch膜にも存在し，さらに感覚網膜の状態にも影響を受けることから,
RPEだけでなく感覚網膜や網膜下腔, Bruch膜に生じている病変の解釈にも応用され始めている。
リポフスチンは，一般に細胞内のライソソームの食作用により生成され,
RPEだけでなく腎臓，肝臓，心筋などにも存在する.
RPE内のリポフスチンは, RPEが貪食した視細胞外節に含まれるレチノール代謝産物である．
視細胞外節では，光受容により視物質に結合する11-cis一retinalがall-trans一retinalに光異性化され，ロドプシン結合部位から放出される．視細胞内の円板膜上で
all-trans-retinal はall-trans-retinol (ビタミンＡ）に還元され，ＲＰＥ内に運ばれて11―cis-
retinalに再生される．そして，視細胞へと再び輸送されてロドプシンと結合する．この視細胞外節とＲＰＥとの間で行われている視物質再生はレチノイドサイクルと呼ばれ，その過程でＲＰＥ内には代謝副産物であるＡ２Ｅが蓄積される.
A2Eは青色光に励起される自発蛍光があり，リポフスチン自発蛍光の主な成分であると考えられている．さらにＡ２Ｅの中間代謝産物(A2PEなど）は視細胞外節にも存在し，眼底自発蛍光所見に影響を与える可能性がある．
視細胞外節はＲＰＥにより貪食されて約10日で入れ替わる．この旺盛な代謝活動に伴いＡ２Ｅなどのリポフスチンが産生されるが，ＲＰＥ内では代謝されないために年齢とともにＲＰＥ内に蓄積されていく．このため加齢とともに自発蛍光輝度は増加する．また，リポフスチンはエクソサイトーシスによりＲＰＥの基底膜惻に排出されBruch膜に沈着する．眼底自発蛍光の約30％はBruch膜によるとされる.
このように眼底自発蛍光は, RPE内のリポフスチンだけでなく，視細胞外節やBruch膜にも起源を持つ．また一方で，青色光は感覚網膜内のキサントフィルや視物質にも吸収されるため，これらの物質の分布により影響を受けることになる。.これを利用して，視物質の退色による眼底自発蛍光の輝度変化から視物質密度の測定を行うこともできる。