硝子体は生下時には水晶体より後部の眼球内を埋めるゲル状組織で，全眼球容積の約80％を占める．その98〜99％は水であり,
0.9%は塩化ナトリウムやアスコルビン酸などの低分子物質,
0.1%がヒアルロン酸やコラーゲンなどの高分子物質である．硝子体ゲルはtype
2コラーゲンによって作られた３次元構造間に高分子ヒアルロン酸が存在することによって粘弾性を発揮している(図1).ヒアルロン酸は負の静電位をもっており，含水状態ではヒアルロン酸の重合体(ポリマー)が双極性の水分子を保持している．この際，水分子はコイル状ポリマー構造間に抱きかかえられるように存在しており，化学的結合は有していない．網膜に近い硝子体皮質と呼ばれるところには骨髄細胞由来の分化型マクロファージの一種である硝子体細胞(ヒアロサイト)が存在し，硝子体の恒常性を維持していると考えられている．生理的状態での硝子体は鋸状縁前後を占める硝子体基底部，水晶体後方のWieger靱帯，視神経乳頭部，黄斑部および網膜の主要血管にて網膜および水晶体と強く癒着している．
硝子体中に正に荷電された分子(鉄や蛋白質など)が入ってくると上記のポリマー構造が変化し，硝子体の含水能が低下する．また，光や生理的代謝によって産生されるフリーラジカルがヒアルロン酸の構造を変化させ，プロテオグリカンやコラーゲンとのっながりをなくしてこれらを硝子体ゲルマトリックスから分離させる．その結果，コラーゲン分子は架橋を形成して束状に凝集し，分離したヒアルロン酸は硝子体液化腔に貯留する．水は疎水性のヒアルロン酸分子と一緒に引き出される．こうなると硝子体の空間的構造の維持ができなくなり，硝子体は虚脱し，コラーゲンの骨格が凝縮してくる．実際，硝子体の液化は10歳代から始まるといわれている。
硝子体中の総コラーゲン量は20〜30歳以降は変化しないといわれている．また，硝子体中のヒアルロン酸の濃度も20歳くらいまでは増加し，それ以降は70歳くらいまで変化しないとされている（ヒアロサイトなどによる多少の代謝は存在する）．加齢によって前述のような硝子体ゲル構造の変性が起こって液化が始まると，硝子体液化腔が形成され，その中には凝集したコラーゲン束が浮遊し，これが若年性の飛蚊症の原因となる．ただ，この時のコラーゲン束は比較的微細であるため，後述する壮年期に起こる飛蚊症に比べると自覚症状は軽いことが多い．この液化腔の形成は黄斑前方より始まることが多いとされており，これを岸らは黄斑前ポケットと呼んでいる．また，加齢によって硝子体線維の肥厚とねじれが生じると，液化の進行と相まって硝子体の虚脱が起こる．これをシネレシスsyneresisと呼ぶ．硝子体のシネレシスがさらに進行するとコラーゲンの骨格の凝縮による硝子体の収縮が始まり，後部硝子体皮質が相対的に接着力の弱い後極部網膜および視神経乳頭から分離する．これが後部硝子体剥離である．このとき視神経乳頭周囲のクリア環が線維性混濁として硝子体皮質後部に付着することがしばしばあり，これをWeiss環と呼ぶ．これが壮年期以降に起こる強い飛蚊症の原因である(図3).特に後部硝子体剥離が生じて間もなくはWeiss環を含む硝子体皮質の混濁の位置が比較的網膜面に近く，混濁による影が網膜にはっきりと映るため自覚症状が強いが，経時的にさらに後部硝子体剥離が進むとこれらの混濁はさらに硝子体腔の前方に移動するため，混濁の影が網膜面に映りにくくなる．このため飛蚊症の自覚は時間とともに次第に薄れていくものと考えられる。