免疫系は自分の体の成分に対しては免疫反応を起こさないように幾重にも安全装置を張り巡らせているという話をしてきた．しかし，実際にはその仕組みが破綻してしまうことがある．それが
自己免疫疾患である．
一方，アレルギーは自己成分に対する反応ではない．異物に対して起こる反応であり，免疫反応としては起こるべくして起こっていることである．ただ，大した敵でもないのに過剰に免疫反応が起こると，かえって体に悪い．そういう状況を，
アレルギーという．
外部に由来する異物に対して起こる免疫反応が過剰であった場合を
アレルギーという．異物の中でも病原体や有害な物質に対しての反応は起こって当然で，余程でないと過剰とはいえない，例えば，蚊に刺されて赤く腫れるのはアレルギーと同じ免疫反応だが，正常な反応とみなされて，いちいちアレルギーとは呼ばない．すなわち，花粉，ハウスダスト，食物などように，本来は体にとっては「無害と思われる」ものに対して起こってしまう免疫反応を指す．
免疫系もたまには相手を読み誤るということであろう．
日常的な抗原に対するアレルギー反応は，ほとんどが
ＩｇＥが関与するタイプである．アレルギー疾患には，花粉症，アトピー性皮膚炎，気管支喘息，食物アレルギー，蕁麻疹などが含まれる．なおアトピーとはlgEを介したアレルギーのことで，そういう病態を起こしやすい遺伝的傾向をアトピー素因という．アレルギーのもとになる抗原を
アレルゲンという．
ＩｇＥはマスト細胞（肥満細胞）や好塩基球の細胞表面に結合している．これらの細胞にはlgE抗体分子の根元の方（Fｃ部分）に結合するレセプター(FceR)が出ていて，
ＩｇＥ抗体はそこに結合する。マスト細胞は主に組織に，奸塩基球は主に血流中にいる．
まず
マスト細胞についてみていこう．まず樹状細胞が抗原を取り込み，抗原特異的なヘルパーＴ細胞を活性化する．一方Ｂ細胞でその抗原に反応できる拍Ｍ型のＢ細胞レセプター（ＢＣＲ）を出している細胞は抗原を結合させて取り込み，その抗原を提示する相手のＴ細胞を待つ．そのＢ細胞と出会った抗原特異的Tfh細胞は，活性化されてIL一召を産生し，ＩＬ-4によってＢ細胞はI邸型のＢ細胞にクラススイッチを起こす．一部はメモリーＢ細胞になり，一部は形質細胞になって大量のIgEを産生する。
ＩｇＥは血流を流れた後，一倡剛よ肥満細胞の表面のFcsRに結合する．肥満細胞は主に粘膜下組織や結合組織に存在する．細胞質内にヒスタミンや種々のタンパク質分解酵素を含んだ顆粒をたくさん蓄えている．このマスト細胞が抗原に遭遇すると，抗原は抗体分子と結合し，シグナルが入って洽陸化される．洽|生化されたマスト細胞は，顆粒中の物質を一気に放出する．ヒスタミンは血管透遊陸を亢進させ，粘液分泌などを促し，数分という単位で組織の発赤り劃長を誘導する．こういう速い反応を
即時型反応という．
抗原特異陸のシャープさと，粘膜面からの病原体の侵入に備えた反応の素早さを実感できるが，その感度の高さを恨めしくも思うときでもあるだろう．
このあと，数時間後に
遅延型反応が起こる．これは主にマスト細胞が活性化して産生したサイトカインやケモカインによって呼び寄せられた好酸球やＴｈ２細胞が起こす炎症である广脆性炎症となることもあり，そうなると好酸球により組織が強く傷害されるようになる．
もちろん，この反応はアレルギーを起こすために備かっているのではない．寄生虫に抗するために発達した機構と考えられている．実際好酸球は，寄生虫に対して強い傷害作用を示す．
アレルギー反応が全身性に起こつた場合をアナフィラキシーという．ヒスタミンなどが血流等を介して他の部位に運ばれ，気管収縮や気道の浮腫を引き起こして呼吸困難に陥る．血管拡張と血流から組織への体液漏出から，ショック症状や肺水腫に至ることもある．適切な治療を施さないと数時間で死にいたる恐ろしい病態である．スズメバチに一度さされてハチ毒に対する免疫が出来てからまた剌されるとアナフィラキシーを起こすことがある．
マスト細胞の他に，似た機能を持つ細胞として
好塩基球という細胞がある．マスト細胞と同じように細胞表面にlgE抗体を結合させている．ただし，粘膜や皮膚で待機している訳ではないので，即時型の反応には寄与しない．しかし,
3, 4日してからの反応に関与しているという知見が，マウスの実験系から報告されている．これは先に書いた遅延型とも異なる反応で，Ｔ細胞は関与しないという．
ＩｇＥが関与してなくても，外部からの本来無害な異物に対する「過剰な」反応であれば，アレルギーの範疇に入れられる．歴史的に以下のような分類がよく用いられている．
Ｉ型アレルギー ： 上記の
ＩｇＥを介する即時型の反応．即時型過敏症ともいう.
II型アレルギー ：
ＩｇＧが自己抗体として自己細胞上の抗原に結合することで起こる.
Ⅲ型アレルギー ： 抗原・抗体・補体からなる免疫複合体が，血流にのって組織に至り組織を傷害する.
Ⅳ型アレルギー ：
Ｔ細胞による細胞性免疫応答で起こる．
アレルギーのほとんどはＩ型で，他の型のアレルギーはまれである．ただし，薬物アレルギーと呼ばれるものには，Ｉ型からIV型まで，いろいろな反応が含まれている．また，うるしにかぶれる反応や，金属アレルギーなどのような接触性皮膚炎は，IV型の反応である．
アトピー性皮膚炎の病態にlgEが関わっているのは間違いない．しかし，最近は，I峠が関与するのは発症後病態を悪化させる過程であって，発症は
皮膚バリア機能の低下によるものだろうと考えられている．乳児期に皮膚が乾燥などで荒れて，そこからダニ抗原などが入って感作が起こってI匹がつくられてしまうということである．一度lgEができてしまうと，その抗原に対して反応が起こってアトピー性皮膚炎や喘息になる．
バリア機能低下が引き金になるといテ話は
食物アレルギーにもあてはまるという説もある．経口摂取した抗原には通常寛容が誘導されるので，どうして食物に対してアレルギーが出るのか，よく考えれば不思議である．しかし，例えば卵や牛乳も，皮膚から入って感作されることが食物アレルギーの原因ということなら，説明がつく．
抗原がはっきりしている場合，アレルギー疾患は，実は治せる．もちろん，抗原を完全に避けるようにしても症状はなくなるだろうが，そうではなくて，抗原に曝すことにより，
免疫寛容を誘導するという方法である．
減感作療法と呼ばれる．実際には長期間通院を続けて抗原を注射する必要があり，例えば，花粉症くらいではなかなかそこまでしょうという気にはならないであろう．また，量を間違うとアナフィラキシーになりかねないので，非常に慎重にする必要もある．
食物アレルギーに対しても，経口摂取量をごく微量から順次増やして行くことで寛容を誘導する方法が行われている．急速特異的経口耐性誘導療法という方法では，入院したうえで能率よく抗原量を増やす二とて，10日くらいで寛容が誘導できるという．
かつては過剰な免疫反応をアレルギーと呼んでいたので，自己免疫疾患もアレルギーに入れられていて，上記の古典的な分類法の中には自己免疫疾患も含まれていた．例えばII型アレルギーには自己免疫性溶血性貧血，悪性貧血，橋本病，円形脱毛症，IH型アレルギーには全身性エリテマトーデス(SLE),急性糸球体腎炎，関節リウマチ等，IV型アレルギーにはギラン・バレー症候群などである．
しかし，今では自己免疫疾患をアレルギーと呼ぶことはほとんどなくなっている．それに，古典的な分類法は必ずしも免疫という現象の理解の助けにはならない．自己免疫疾患の病態生理は疾患ごとに理解すればいいのであって，古典的分類のどれかにあてはめようとすると，かえって無理が生じるように思われる．
免疫細胞が自己体の成分を攻撃してしまうことで起こる病気の総称である．大きく分けると，臓器特異的なもの（臓器特異的自己免疫疾患）と，さまざまな臓器に起こる全身性のもの（全身性自己免疫疾患）がある。
図には臓器特異的な疾患については代表的なものしかあげてないが，ほとんど全ての臓器が攻撃対象になりうる，さらに，ひとっの臓器の中で組織ごとに個別に標的になりうる．
臓器特異的と全身性という２大別は，単に標的臓器の多さで分けている訳ではない．両者は発症の機序が違うと考えられている．臓器特異的自己免疫疾患はそれぞれの臓器の中の特定の組織中の抗原に対して自己免疫反応が起こり，発症する．標的になった臓器には慢性的な炎症が起こってリンパ球や食細胞が浸潤し，やがて組織が破壊され，機能を失う．
一方，全身性自己免疫疾患は体中どこにでもあるような抗原に免疫反応が起こることによって発症する．腎炎，関節炎，皮膚炎，胸膜炎，関節炎などのように，いろいろな臓器/組織で炎症が起こる．
な糺膠原病という言葉は全身性自己免疫疾患とほぼ同じものを指す．リウマチ性疾患も大体同じ意味だが，痛風や変形性関節炎などの，自己免疫ではない関節の病気が含まれる．
サルコイドーシスは肺，心臓，筋肉などに肉芽と呼ばれる炎症性の結節ができる疾患である．クローン病，潰瘍性大腸炎はそれぞれ主に小腸，人腸に炎症を起こして潰瘍を形成する疾患である．これらは組織の炎症を主体とした疾患であるが，通常は自己免疫疾患とはみなされない．それは，これらの疾患が自己抗原に対する反応ではないと考えられているからである．これらの疾患は，おそらくは何らかの外来抗原に対する過剰反応であろうと考えられている．
全身性エリテマトーデス（SLE）:全身性自己免疫疾患の代表的な疾患．細胞の核の成分に対する抗体（抗核抗体，抗ＤＮＡ抗体）が出現し，これにより形成された抗原抗体複合体が体のあちこちに沈着することが病因とされている．男女比1
:10と女性に多く，ほとんどは15歳から40寇の間に起こる．顔に現れる蝶形紅斑，発熱，筋肉痛，関節炎，肺炎，腎炎などが主な症状.
関節リウマチ：関節の病変を主症状とするが，発熱，肺炎，心膜炎など，全身症状も伴う．関節では，関節面の骨端表面を覆う滑膜細胞が異常増殖し，関節が破壊される．
重症筋無力症：神経筋接合部のアセチルコリン受容体に対する抗体ができてしまい，筋肉にシグナルが送れなくなる．眼瞼下垂，歩行障害などがみられる．
バセドー病（グレーブス病，甲状腺機能亢進症）：甲状腺刺激ホルモン受容体に対する抗体ができて刺激が入ってしまう．そのため，甲状腺ホルモンが過剰に分泌され，甲状腺腫大，顫脈，発汗，やせなどの症状が出る．
橋本病（慢性甲状腺炎）：甲状腺に慢性的な炎症が起こる．甲状腺組織に対する細胞性免疫反応が主体とされる．甲状腺機能低下を来たし，全身倦怠感，浮腫などが起こる
円形脱毛症：若いひとに多く，髪の毛が径数センチの円形に抜ける．ストレスかきっかけで発症することも多いが，病態としては毛根に対する自己免疫疾患である．通常自然に治る．
免疫系は自己成分に対しては反応を起こさないようにできている．自己反応性Ｔ細胞はまず胸腺で取り除かれ，もれ出てきた自己反応性Ｔ細胞にも、末梢でアナジーに誘導される，制御性Ｔ細胞に抑制される,
FASシグナルを受けて死ぬ，自己抗原と隔絶される，などのいろいろな仕組みが働き，大人しくするようになっている。
どうやって免疫寛容が破綻するのであろうか．大きく二つに分けられる．ひとつは，寛容の仕組みが
障害されて起こるものである．いわば寛容を誘導する系の機能不全である．これはすでに学んだ上記の仕組みを理解していればわかりやすい話である．基本的には遺伝子の先天的な欠如により起こる．
もうひとつは，一定の割合で起こりうるシステム上のバグのようなものである．これは免疫を学ぶにあたって，とてもおもしろい視点を提供してくれる．免疫系は進化の結果として驚くほど精巧な仕組みをつくってきた．しかし，ところどころにシステム上の欠陥があり，時には自己成分に反応してしまうのだ．主なものとして隔絶抗原への暴露，分子相同性，自己抗原修飾などがある．な糺 こうやって書くと自己免疫疾患の機序がすでによく解明されているかのようであるが，実は多くの自己免疫疾患については発疱機序は不明である．
①負の選択の異常：胸朧髄質上皮細胞に発現しているAIREという分子がある。髄質上皮細胞では臓器特異的抗原が異所性に発現していて,
AIREはその発現に関与している．遺伝的にAIREを欠損している人では負の選択に障害が起こり，自己反応性のＴ細胞か末梢にでてきてしまう（図4).
APECEDと呼ばれる病気である．
②制御性Ｔ細胞の異常：末柑|生寛容の仕組みのひとつに制鱇|生Ｔ細胞によるものがある。転写因子Foxp3はこの細胞の生成に必須である.
Foxp3を遺伝的に欠損している人では制御性Ｔ細胞による抑制の機構が働かないため，潜在している自己反応性Ｔ細胞が組織障害をもたらす.
IPEXと呼ばれる病気である.
③洽陸化誘導細胞死の異常：末哲陸寛容の仕組みのうち別のひとつが，活性化誘導細胞死である．活性化されたＴ細胞が，自ら殺してもらうためにFASというレセプターを発現する（65頁）．この遺伝子を欠損すると，活性化され九Ｔ細胞かなかなか死ななくなり，免疫反応が亢進してしまう．この病気はＡＬＰＳと呼ばれる．
これらの遺伝子欠損症の患者では，いろいろな臓器にリンパ球の浸潤を伴う炎症が起こる．
免疫寛容を維持する仕組みのひとつに，ナイーブＴ細胞やＢ細胞が末梢の組織をむやみに巡回しないということもあげられる．すなわち，組織特異的なタンパク質抗原は基本的には免疫系から隔絶されている．そういうタンパク質抗原は，隔絶抗原と呼ばれる．特に脳神経系，眼，精巣などはよく隔絶されている．
よく隔絶されている部位をつくると，そこにある抗原に対しては免疫反応が起こりにくくはなるが，リスクも生じる．抗原を免疫系にさらさないから，そういう抗原に対して末樹|生のトレランスが成立しないのだ．言い替えれば，よく隔絶された抗原はど，その抗原に反応性のリンパ球が九くさんいるということだ．だから，ひとたび外傷や感染症などによりそういう組織が損傷を受けると，免疫反応が起こりやすいことになる．
例えば，網膜が外傷を受けて網膜細胞の抗原が漏出したとする（図５）．この抗原はリンパ液に乗って近傍のリンパ節へ流れ着き，抗原提示細胞に捕捉される．抗原提示細胞は通常は自己成分では活性化されないが，損傷を受けた細胞からの分子は自然免疫系のレセプターを介して活性化される．こうして網膜細胞を病原体と思い込んだ獲得免疫系の反応がはじまってしまい，外傷を受けた方の網膜だけでなく，もう片方の網膜でも炎症が起こる．このようにして起こる網膜炎は交感陸眼内炎と呼ばれる．
これはある種の隔絶抗原のようなものである．この場合は，タンパク質分子の中に抗原となる部位が隠れている（図6).
T細胞は，タンパク質を分解することによってつくられたペプチド鎖を抗原として認識するが，タンパク質分子全体の中で,
MHCの上に乗せられるペプチド鎖の部分は限られている．それらのペプチド鎖はどれも同じ割合で乗るわけではなく，分解過程などの影響で，よく使われる部分と，ほとんど使われない部分（潜在エピトープと呼ぶ）ができる．したがって潜在エピトープに反応するリンパ球は除去されずに残る．しかし，タンパク質分子が他の分子と結合したり突然変異が起こったりすることで分解過程が異常になると，潜在エピトープが使われるようになることがある．その結果，自己反応性Ｔ細胞が活性化されることになる．
病原体の抗原の形が，体の中の正常組織の分子の形とたま九ま似ていることがある．これを分子相同性という．これは，多様性と抗原杵異性というシステムが逃れることができない呪縛のようなものである．このようなとき，感染をきっかけに自己免疫反応が起こってしまうことがある．
例えば，溶血性連鎖球菌に感染でリウマチ熱が引き起こされる例をみていこう、溶血性連鎖球菌の持つＭタンパク質という分子のある部分は，心筋細胞のミオシンという分子の一部によく似ている．Ｍタンパク質分子のその部分に対して抗体ができてしまうと，その抗体は心筋も攻撃するようになる．こうして，感染の１～３週問後に，心筋炎が起こるのである．
これが起こりうる危険性については59頁で一度述べている．病原体を補足して活性化した抗原提示細胞が病原体の抗原しか提示しないならいいのだが，病原体だけを選択的に貪食することはできないので，それは無理な注文である．活性化し九抗原提示細胞は自己抗原も同時に提示している（図８）．容易に想像できるように，これはとても危ない状況である．自己反応性のＴ細胞を活性化してしまうからだ．自然免疫系のセンサーに獲得免疫反応の始動役を課している限り，この傍観細胞活性化が起こりうることは避けられない．
例えば，ウイルス感染によって脳神経系に対する反応性を持つＴ細胞が洽欧化され，多発性硬化症が発疱するというマウスのモデルなどが知られている．
このメカニズムについては，ハプテンに対する抗体がどうしてできるのかという話の中で一度解説した．ペプチドでない分子に対して抗体をつくるＢ細胞を，Ｔ細胞がどうやってヘルプするかという仕組みである．
同じ仕組みで，自己抗体ができてしまう過程をみていこう．自己反応性のＢ細胞は一定の割合で存在する．そういう細胞は抗体分子すなわちＢ細胞レセプターを用いて常に自己抗原を捕捉しているが，その抗原に対する活性化ヘルパーＴ細胞かいないので，抗体が産生されることはない．しかし，病原体由来のタンパク質抗原が自己抗原とくっつくと，事情は一一変する．自己反応性Ｂ細胞はそのタンパク質抗原も一緒に取り込んで，クラス11分子上に提示する．病原体由来のタンパク質抗原に対しては，活性化されたヘルパーＴ細胞がたくさんつくられてあたりにうようよしているので，このＢ細胞はそういうヘルパーＴ細胞に出会って活性化されてしまう．こうして，自己抗体を産生するＢ細胞ができてしまうのである。
自然免疫系が使っているパターン認識分子は，哺乳類細胞には存在しないパターンを認識できるようになっている.
DNAを感知するレセプターであるTLR9も，病原体
に多い構造のＤＮＡを感知できるようになっている（詳しくは193頁）．しかし,
DNAは自分も擅っているので，誤認の危険性が高い（図10).実際，細胞が死んだあとにＤＮＡや核内タンパク質の複合体として放出されたものが,
TLR9によって感知されてしまうことがある．その結果としてＤＮＡに対する免疫反応が惹起され，抗ＤＮＡ抗体が産生されて，これにより抗原抗体複合体が形成される．これはSLEの発症機序として注目されている。
末梢リンパ球には，一定の数が保たれるようにするメカニズムが働いていることが知られている．感染やストレスを契機にリンパ球が減少すると，残っていたリンパ球がそれぞれのクローンサイズを大きくすることで数がもとに戻る．このような時に起こるリンパ球の増殖を恒常性増殖(homeostatic
expansion)という．このとき，潜在的な自己反応性のリンパ球クローンの方が，抗原レセプターからの刺激を受けやすいので，優勢になりやすく，それが自己免疫病の発症の契機になることがあると考えられている．
自己免疫疾患は免疫の過剰と思われがちであるが，ある種の免疫不全状態で起こりうるということである．例えば,
Omenn症候群という遺伝性疾患がある.Ｒａ９分子が遺伝子変異によって不完全にしか機能しないので，Ｔ細胞やＢ細胞がつくられる数が少なく，基本的には免疫不全症になる．しかし，このような患者では，高頻度に自己免疫疾患がみられるのである．リンパ球のクローン数が少ないこと自体が免疫恒常性の不安定要因になるという可能性を強く示している．
病原体に対してつくっ九抗体が自己成分Ｘにも反応してしまったというとき，実はそれだけではそういう抗体は長期間はつくられない．感染が終わればＢ細胞は自己成分Ｘだけを捕捉して抗原提示することになるが，それをヘルプできるＴ細胞はいないからである．では，ここに傍観細胞活性化の仕組みが加わるとどうなるだろうか．感染により活性化し九樹状細胞が，自己由来のペプチドも同時に提示するので，いろいろな自己反応性Ｔ細胞ができてしまう．その中に自己成分Ｘに反応できる活性化ヘルパーＴ細胞かできてしまうと，Ｘに反応するＢ細胞とＴ細胞が揃うことになる．そうなると，抗体はつくられ続け，炎症は遷延する．
このように，この項目で述べた仕組みは，いくつか組み合わされることにより，相乗的に自己免疫疾患の病態を形成していくと考えられる．その過程で標的となる抗原の種類がふえていくことをエピトープ拡散(epitope
spreading)という．
自己免疫疾患の発症には明らかに遺伝要因が関与している．例えばＳＬＥでは，一般の発症率0.1％，二卵性双生児で相手も発症する率は10％，一卵性双生児では30％前後とされており，遺伝要因の関与は明らかである．しかしょ一卵性双生児で100％でないということは，逆に言えば罌境要因も大きいことを示している．
最も関連が明らかな遺伝子は, MHC (ヒトの訥なので以下ＨＬＡと呼ぶ）分子である．免疫の病気だから関連していても当然である．自己抗原に対する反応なので，ある抗原ペプチドが特定のＨＬＡ分子には乗りやすいが別なＨＬＡ分子には乗りにくいとか，そういうことが関係していると考えられる．
ＨＬＡ以外にも多くの遺伝子が関与して，罹りやすい素囚をつくりだしていると考えられる．そういう場合は関与している遺伝子は全くの欠損とかではなくて，アミノ酸が１個違ったり，調節領域のＤＮＡ配列が少し違うことで発現量が少し違ったりという，微妙な差が重なったものである．こういう変異は異常という形ではなく，一塩基多型(Single
Nucleotide Polymorphism ； SNP : スニップと読む）として一定の割合で存在している（通常頻度が１％未満なら異常，１％以上なら多型とみなされる）．その上うな遺伝子を探し出すのは，一塩基多型を指標にして患者と健常人のゲノム全体を対象に比較して頻度に差がある遺伝子を特定する方法が有効で,
SLEや関節リウマチについてＨＬＡ以外の関連遺伝子が最近次々にみつかってきている．
この型の遺伝子を持っている人はそれ以外の人に比べて何倍くらいその病気になりやすいか，というのが相対危険度という数字で表される．いくつかの自己免疫疾患は，特定のＨＬＡに強い関連を示す．例えば，強直性脊髄炎は,
B27というＨＬＡを持っている人は208倍の危険度がある．他にもライター病で37倍，インスリン依存型糖尿病で19.7倍，重症筋無力症で16.4倍，などのように危険度を高くするＨＬＡの型がみつかっている．一方で，一塩基多型でみつかってくる遺伝子の相対危険度は，ほとんどが２倍以下である．
ＨＬＡの型と自己免疫疾患の高い関連性は，自己免疫疾患では特定のＨＬＡに乗った特定のペプチドが発症の鍵になっていることを示している．そういうレベルで発症機序を明らかにすれば，発症の原因になっているクローンを狙い撃ちした匚抗原特異的」な治療や予防が可能になるであろう．
なお番外編とでもいうべき例として，ナルコレプシーという病気がある．この病気では,
HLA-DR2の保有者の危険度は358倍に達する．ナルコレプシーは昼間に突如として眠ってしまう病気で，原囚はまだ不明である．脳だけでなく体中に炎症所見はほとんどみられないので，免疫ががらんでいるとは普通なら思えないが，この数字からは何らかの形で免疫が関与しているとしか思えない．
ＤＮＡの中にはＣ（シトシン）とＧ（グアニン）が並ぶ配列ではＣとＧはリン酸を介して結合しているのでＣＰＧと呼ばれる．そのＣｐＧが多く含まれるＤＮＡをCpG
DNAという．バクテリア由来のＤＮＡにはＣｐＧが多く含まれる．ただし，哺乳類でもこの配列はあり，メチル化が起こる場所として重要で，遺伝子発現制御にかかわる領域には多い．バクテリアのＣｐＧはメチル化されていないが，脊椎動物ではメチル化されていることが多い．そこで,
TLR9は非メチル化ＣｐＧ配列を感知することにより，病原体由来か自己細胞由来かを見分けている．しかし，哺乳類のＤＮＡにも少ないながらも非メチル化CpG
ＤＮＡは存在している．それで，本文で説明したような誤認が起こるのである．
TLR9は樹状細胞も出しているので，死細胞から放出された核内タンパク質とＤＮＡの複合体を貪食した樹状細胞は活性化され，抗ＤＮＡ抗体で複合体を捕捉したＢ細胞をヘルプする．一一度抗ＤＮＡ抗体がつくられると，今度は抗体とＤＮＡの複合体があちこちでつくられ，それをＦＣＲで捕捉した形質細胞様樹状細胞が，貪食に際してＴＬＲ９を介して活性化され,
IFN aを産生する. IFN aは樹状細胞を活性化させ，その結果自己反応性Ｔ細胞が活性化される．こうしてどんどん自己免疫反応が進んでいくのがSLEの病態ではないかと考えられている．
なあ，自然免疫系センサーは自己成分に対しても生理的なセンサーとして働いているという話は154頁で述べた．その場合は獲得免疫系を活性化させない範囲で炎症を誘導するということだった．しかし，ここでみたTLR9による自己ＤＮＡの感知は，自己抗体の産生につながるので，本来の機能ではなく，誤認であると考えられる．